とみたさん 早々のレスありがとうございます。

> インデックスの設定に問題があるかもしれないので、
> 
> 	explain select count(*) from TableA left join TableB using(key)
> 
> の結果で何かわかるかもしれません。

試してみました

mysql> explain select count(*) from TableA left join TableBe using(key1);
+-----------+------+---------------+------+---------+------+--------+-------+
| table     | type | possible_keys | key  | key_len | ref  | rows   | Extra |
+-----------+------+---------------+------+---------+------+--------+-------+
| TableA    | ALL  | NULL          | NULL |    NULL | NULL | 252790 |       |
| TableB    | ALL  | PRIMARY       | NULL |    NULL | NULL | 134750 |       |
+-----------+------+---------------+------+---------+------+--------+-------+
2 rows in set (0.00 sec)

です。よく分かりません。


> また、MySQL は join を使うより、where で条件を指定した方が速いようなので、
> 
> 	select count(*) from TableA, TableB where TableA.key = TableB.key
> 
> としてみると違う結果になるかもしれません。
> 
そうですね これだと 数十秒で戻ってきます。
が 要件は あくまで ＬＥＦＴ ＪＯＩＮ なんです。
Select 句は 実際は、COUNT(*)ではなくいくつかの項目を指定したいわけで
TableB に一致しないものも含め TableA 全件 なんです。