高橋です。

phpMyAdminのお話が出ているのでPHPによるWEBアプリケーションシステムと考え
てお話しますが・・・・。

> 操作に慣れてもらうか、それでもダメなら管理用のプログラムを
> 作成するしかありませんね。
私も昔、同じ事でソフトを探し回ったとこがありますが、結局 phpMyAdmin に落
ち着いてしまいました。LAMP環境でしたので、しっかりと管理用プログラムを作
ればそれで済むのですが、意外と面倒なんですよね。

昨年、新システムに移行した際に管理画面だけPHPのフレームワークを使用して
作成してみたところ、意外と簡単に出来てしまったのでお勧めです。
デザインにこだわらなければ、半日もあればできますよ。
（symfony とか CakePHP）

本システムとは別に管理用のサイトをフレームワークで作成して、アクセス規制
をかけて運用しています。

ご参考になれば。