平成15年頃に購入した書籍に添付されていた MySQL 3.23.49 というバージョンの 
MySQL を利用しています。

サーバーOS     Windows2000 Server
MySQL ver     3.23.49
インストール先   C:\mysql
起動方法        サービスに登録して、システム起動時に自動的に起動するように設定 

my.ini             C:\Windows に記述 ( 内容は下記に記載しました )

クライアントOS     Windows Xp Professonal
ODBC ver          3.51.02
その他               myodbc3.dll を更新して部分的に日本語化してます ( 設定は下記に記載しました )

------------ my.ini の内容  --------------
[mysqld]
default-charactor-set=sjis
basedir=C:\mysql
--------------------------------------

---- MyODBC クライアントのオプション設定 -----
Return Matching Row                   True
EUC変換する                                True
Change BIGINT Columns to INT     True
--------------------------------------

この度、5.0.45 というバージョンにアップを予定していますが、Ｗｅｂで調べてみるとキャラクターセットの問題が随所に掲載されています。
いきなり上記のバージョンにアップするより 3.51 から 4.0 → 4.1 → 5.0.45 にアップした方がよいのでしょうか。

またバージョンアップ方法でお勧めのやり方が掲載されているサイト等がありましたら教えてください。