かわうそです。

> ファイルが何に利用されているか、調べ方などございましたらご教示いただ
> けますと幸いです。

リファレンスマニュアルによれば、
innodb_file_per_tableを使用しても内部データディクショナリや
アンドゥログを格納するのに常に共有テーブルスペースが必要とのことです。

リファレンスマニュアル「Using Per-Table Tablespaces」
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/multiple-tablespaces.html