こんにちは、兵頭です。

先日、質問をしたのですが自己解決しました。
エラーログをよく読めば分かったことなんですが、INNODBモニタログより
前の記述に以下の内容がありました。

InnoDB: WARNING: over 4 / 5 of the buffer pool is occupied by
InnoDB: lock heaps or the adaptive hash index! Check that your
InnoDB: transactions do not set too many row locks.
InnoDB: Your buffer pool size is 8 MB. Maybe you should make
InnoDB: the buffer pool bigger?
InnoDB: Starting the InnoDB Monitor to print diagnostics, including
InnoDB: lock heap and hash index sizes.

ログのとおりですが、buffer pool size が少ないということが分かりまして、
my.iniのinnodb_buffer_pool_sizeの設定値を増やしてやることで解決しました。

お騒がせしました。

兵頭