富士和電子 伊藤浩樹 どの。
> 意味はよくわかりませんが、
> --defaults-extra-file=path
> http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/option-files.html
> もためしてみてください。

このメールはしょうももないので忘れてください。
他の方が書いていらっしゃるように、
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/mysqld-safe.html
if you execute mysqld_safe with the --defaults-file or
--defaults-extra-option option to name an option file, the option must
be the first one given on the command line or the option file will not
be used
だそうです。
ところで、このmysqld-safeですがmysqldを探すときにのぞみのものをみつけて
くれるかどうかわからなかったので、mysqldを直接指定したほうが話がわかりや
すいと思いました。それと、userを指定すると話がややこしいのでそのuserに
なって実行したらどうでしょう。

$/usr/local/bin/mysql_install_db \
	--datadir=/usr/local/mysql/data \
	--basedir=/usr/local/mysql

$/usr/local/mysql/bin/libexec/mysqld \
	--defaults-file=/etc/my5.cnf

コンパイルからやり直されるのでしたらこちらも参考にしてみてください。
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/multiple-unix-servers.html
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/multiple-unix-servers.html