富士和電子 伊藤浩樹 どの。
my5.cnf[mysqld]に
basedir=
datadir=
pid-file=
port=
socket=
を古いやつとぶつからないように指定して、初期化からやってみてください。

#/usr/local/bin/mysql_install_db --user=mysql --defaults-file=/etc/my5.cnf
#/usr/local/bin/mysqld_safe --user=mysql --defaults-file=/etc/my5.cnf


> いちど新5.0のプロセスを切り再度立ち上げ
> ./bin/safe_mysqld --user=mysql --defaults-file=/etc/my5.cnf &
> をするのですが従来からの/etc/my.cnfを読みながら起動しているようです。