こんにちは、えざきです。

MySQL4.1で文字コードも変えてあるので参考程度ですが
下記の手順で問題なく移行できました。
新DB側の「--default-character-set」を指定したらできないでしょうか？


MySQL4.0.Xから下記のコマンドでデータをバックアップして
(Windows2000のsjis環境)
mysqldump --all-databases --add-drop-table > all_databases.sql

MySQL5.0.Xへ下記のコマンドでデータを復元する
mysql -uroot -p --default-character-set=cp932 < all_databases.sql
(fedoraのcp932環境)