> mysql 再起動後のcharacer_set
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> characer_set_client		ujis
> characer_set_connectiojn	ujis
> characer_set_datebase		ujis
> characer_set_results		ujis
> characer_set_server		ujis
> characer_set_system		utf8
> 
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> サーバー環境
> FreeBSD
> apache 1.3
> php 4.4.4
> mysql 4.1.21

こんにちは。
1.> show variables like "char%";
は、phpMyAdminからsqlを出した結果ですか。
それともサーバの端末での結果でしょうか。
2.再起動後にujisでINSERTしたデータをSELECTしていますか。