上田です。

遅くなりましたが、その後の報告です。

F.Y.さんに例を提示していただけたのですが、結局
１．userテーブル同士でmatrixテーブルを作成する
２．user_skillテーブルとmatrixテーブルでmatrix_skillテーブルを作成する
という手法で作成を始めたところ、１の時点で1週間以上の時間がかかった挙句
にテーブルサイズが40Gを超え、HDDがパンクしてしまったので今回はこの方向性
をあきらめました。

ありがとうございました。