中村様
回答ありがとうございます。

>> ■マシン
>> Debian Linux 4.0(etch)
>> MySQL 5.0.32
>>
>> ■現象
>> リモート接続できない。（LAN内）
>>
>> ■原因
>> 4.1系よりパッケージにてアップグレードを行った。
> port（3306）は開いてますよね？

DBにはLAN内からのアクセスだけ可能として、
外部からのアクセスは不要としていましたので、
port（3306）は開いてはいませんでした。

ただ、ご指摘にありましたので、開いた状態で接続しましたが、
問題は解決できませんでした。

>> ■現象の詳細
>> ・アップグレード前まではリモート接続が行われていた。
>> ・以下のGRANT宣言により権限を与えている。
>>
>>> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO spadmin@localhost IDENTIFIED BY
>>> 'passwd' WITH GRANT OPTION;
>>> GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO spadmin@"%" IDENTIFIED BY 'passwd' WITH
>>> GRANT OPTION;
> リモート接続の際のパスワードに間違いはありませんか？

改めて確認しましたが、誤りはないと思います。

>> ・リモート接続を行うと以下のエラーメッセージ
>>
>> ERROR 1045:Access denied for user 'spadmin@'192.168.11.24' (using
>> password: YES)
>> ※DBのプライベートアドレスは192.168.11.4だが何故か末尾が異なっている。
> アクセス元の端末 IP が 24 という事かな？
> ※すいません、確認してませんが．．．

説明不足で申し訳ありません。
現在DBが動いているサーバーは端末（192.168.11.2）とは別のマシンとなり、
IPが192.168.11.4となります。
よって端末のIPではありません。

ちなみに、現在のLAN内のマシンには、
"192.168.11.24"　を持つマシンは存在しません。


>> ■その他
>> 現在proftpdが起動しないため、サーバーにFTP接続ができない状態。
> MySQL のみをアップデートして FTP が終了してしまったんですか？

Debian3.0　→ 4.0 へアップグレードを行ったときに、
mysqlと同様にproftpdもアップグレードされ、
その後起動できなくなりました。
どうやらIPV6の設定が有効となっているためのようです。

起動コマンドを実行すると、

IPv6 getaddrinfo '[マシン名]' error: Name or service not known
[マシン名] - fatal: Socket operation on non-socket

とエラーが表示されてしまいます。
設定ファイル（/etc/modules.conf）を確認しても、
alias net-pf-10 off # IPv6
となっているため、IPv6は無効と思われるのですが、
起動時に有効と見なされているようです。
※本MLで取扱う問題と異なってしまい申し訳ありません。

他に不明な点がありましたら再度ご報告します。
以上、よろしくお願いします。