こんにちは。

MySQL4.0.26+PHP5.2.0+Apache2.0+windows2003serverの環境でシステムを構築しています。
１つのテーブルが３００万件を超えたあたりから、処理が著しく遅くなってきました。 

あるところで「Got error 28 from table handler」というエラーを吐き出すようになり特定のクエリが実行できなくなりました。
調べてみると、my.iniでＴＥＭＰに設定しているドライブの容量が０になっているとのことでした。
通常、そのドライブは空き容量は３０ＧＢ近くあります。
クエリ実行中にＴＥＭＰフォルダ内にファイルが作成され３０ＧＢ以上のファイルが作成されているのですが、このファイルサイズはどうにかならないのでしょうか？
データベース容量が１．５ＧＢ未満に対してＴＥＭＰのファイルが３０ＧＢを超えてくるのは正常なのでしょうか？
特定のクエリとは、３００万件のデータをコード順にソートして、３０万件ごとに抽出しています。
区切りをつけているのは、全件を抽出するとメモリ不足のエラーがでる為です。

どなたか分かる方、ご教授お願いします。