「〜」以外は意図どうり格納されたように見えるということは、MySQL-4.1以降の文字コード自動変換に関する問題でしょうか。
とりあえず、下記sql文の実行結果がいると思います。

>show variables like 'char%';

YuGo



> 「〜（から）」を挿入すると文字化けする
>
> 下記の環境にて
> phpMyAdminから「〜」が入った文字を挿入すると
> 「?」に置換されて挿入されます。
>
> PHPから挿入すると正しく挿入されました。
>
> これはMySQLの問題というよりは
> phpMyAdminの設定によるものなのでしょうか？
>
> MySQL:4.1.21-log
> 文字セット:UTF-8 Unicode
> テーブル:ujis_japanese_ci
> PHP: EUC
> phpMyAdmin:2.9.0.2
>
>
> 高森 みつき
>