>実は、mysqldを実行するとそのコマンドライン画面（ターミナルです）は
>一切の入力を受け付けなくなります。文字は打てるのですが、

サーバー・デーモンをどう「実行」したんですか?
safe_mysqld経由ではない、ってことですかね?

>何を打ち込んでも改行されるだけでレスポンスはありません。

正確に書くと、
  改行《以外》の文字の入力が、改行のレスポンスになる
  改行だけレスポンスがある
っていうどちらのこと?

>もう一枚画面を開いて、mysqlと打つことによってSQLが使用可になっています。

ここ、「mysqldと打つ」の入力ミスかしら?
入力ミスではなく、SQLのクライアントという意味ですか?

>起動しなくなってから初めて触ったシステムなので、
>不具合が出る前の状態の把握に不明瞭な所があり、申し訳ないです。

不具合の出る前の起動方法を「明瞭」に「把握」した方が良さそう
です。
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  iida