池田＠住商情報システムです。

> まっさらなサーバーにインストールしているので古いバージョンは、無い筈なん
> ですが。ただ mysql-4.1.16-win32 を試しに入れてアンインストールはしました。

ということは、MyODBC-3.51.06がリンクしているライブラリがmysql-4.0以下とかですかね？
試しに以下から最新版を取得してやってみてはいかがでしょう。
http://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc/3.51.html

> 更に疑問なんですがいろいろサイトを調べていたのですが、
> ODBCデータソースで「ユーザーDSN」で設定するのと「ファイルDSN」で設定する
> ２つの方法が書かれている別々のサイトがあるのですが、どちらが正しいのでしょ
> うか？
マニュアルにあるのでそちらをどうぞ。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/myodbc-configuration-dsn-windows.html