松尾です。

netstat -an の結果はどうなっているでしょうか？（サーバ、クライアント共）
もしかすると、TIMED_WAIT　なコネクションで一杯になっていませんか？

Windowsでは、TCP/IPの接続・切断を高速に繰り返すと、
MySQLに限らずコネクションエラーが発生する可能性があります。
＃とくにクライアント側で発生しやすい

レジストリの、MaxUserPort、TcpTimedWaitDelay　を見直すと緩和されます。
        http://www.microsoft.com/resources/documentation/WindowsServ/2003/all/deployguide/en-us/58791.asp
        http://www.microsoft.com/resources/documentation/WindowsServ/2003/all/deployguide/en-us/58811.asp

＃Windowsのデフォルト値が変なんですよね・・・ブツブツ

すでにレジストリ変更済みでしたら申し訳ありません。

フューチャーシステムコンサルティング（株）
松尾　康博