松信です。

>MySQLのバージョン等で動作が変化する事はありえるのでしょうか・・？
バージョンは4.0ですか？
#そういえばバイナリログの数字が3桁でしたね…
前に紹介した方法は4.1以降でしか利用できません。

>バイナリログは以前と同じく複数作成されておりました。
4.0のmysqldumpでは、データベースの数だけバイナリログが作成されます。
ただ、データベース全体にロックをかけてバックアップすれば、
その間には更新が入らないので、
途中で作成されたバイナリログにはSQL文が記述されないはずです。
ゆえに、ロールフォワードリカバリをするときは、最後に作成されたバイナリログから
実行していけば良いと思います。

>--lock-all-tables というオプションではエラーとなりましたので
4.0には--lock-all-tablesという名前の引数がありません。かわりに、
-x
をつけてバックアップしてみてください(--lock-all-tablesと同じ機能を実現します)。

ちなみに、-xと--lock-tablesは意味が違います。
-xはFLUSH TABLES WITH READ LOCKで全データベースに一斉に共有ロックをかけて、
バックアップ後にUNLOCK TABLESでロックを解除します。そのため、
データベース間で一貫性のあるバックアップが取れます。
一方--lock-tablesはデータベースごとに「LOCK TABLESでロック、UNLOCK TABLESで解除」
を繰り返していくので、あるデータベースの中身をバックアップしている間、
ほかのデータベースに対する更新が行なわれる可能性があります。そのため、
データベース間で一貫性のあるバックアップを取れる保証がありません。