小泉です。
レスありがとうございます。

> MySQL-5.0.15-0.src.rpm を使ったのか
> tar.gzを展開してコンパイルしたのか
> どっちでしょうか？
tar.gzを展開してコンパイルしました。
現在MySQL-5.0.15-0.src.rpmをリビルド中です。

> rpm -qa | grep mysql
> で出てきたのを全部アンインストールして、
> /etc/my.cnf も削除して
> tar.gz を コンパイルしてインストールすれば
> 動くと思います。
リビルドが終わったら試してみようと思います。

結果が確認でき次第ご連絡致します。