白澤です。

oceanblue17> -jarを付けると
oceanblue17> Warning: -jar not understood. Ignoring.
oceanblue17> と出てしまいます。

ですが、-jar オプションをつける前のエラーメッセージは

Exception in thread "main" java.lang.InternalError:
  unexpected exception during linking:
  java.lang.ClassNotFoundException: org.gjt.mm.mysql.Driver
  at 0x40268e17: java.lang.Throwable.Throwable(java.lang.String) 
(/usr/lib/./libgcj.so.3)

でしたよね？つまりそもそも指定したクラスが見つからないという
致命的エラーでした。今回は

> Exception in thread "main" java.sql.SQLException:
>   Driver not found for URL: 
> jdbc:mysql://localhost:3306/ATMARKIT?useUnicode=true&characterEncoding=SJIS
>    at 0x40268e17: java.lang.Throwable.Throwable(java.lang.String) 
> (/usr/lib/./libgcj.so.3)

なので、クラスが見つからないというエラーではないようです。や
や前進。

う〜ん。DriverManager.registerDriver()というメソッドは使った
事ないのですが、

DriverManager.registerDriver(new org.gjt.mm.mysql.Driver());

の代わりに

Class.forName("org.gjt.mm.mysql.Driver");

とやったらどうなりますか？

-- SHIRASAWA, Jun.
 <jshira@xxxxxxxxxx>