佐々木です。
動作確認したわけではないのですが、プログラムを眺めた限り、
イベントビューアの警告を消すには、
　table_cache >= max_open_file(=open_files_limit) - 10 - max_connections / 2;
の式を満足させる必要があるみたいです。

あと、ご自身で調べられたのなら気付かれたと思うのですが、
件の警告が出力されたとしても、table_cache の設定値が強制的に
書き換えられるだけなので、.MYI ファイルの破損とは直接関係無いような気もします。
もし関連性を発見されたなら私にも教えてください。

ご存知とは思いますが、MySQL のマニュアルには Windows 上で稼動させるときの
注意点が掲載されており、ファイル破損の可能性も言及されています。
よろしければ再読してみてください。