佐々木です。

> Changed limits: max_open_file:2048  max_connections:100 table_cache:969
について。

Warinig が出力されるのは昨日織田さんも説明されていましたが、
　max_open_file = 10 + max_connections + table_cache * 2
の計算結果が Windows 版の規定値 2048 を超えているからですね。
MySQL の起動時かクライアントの新規接続がトリガーになると思われます。

また、table_cache の値が端数になっているのは、上記の結果、
table_cache 値が再計算されてしまったことが原因です。
　table_cache(969) = max_open_file(2048) - 10 - max_connections(100) / 2;

下記 URL の「同時読み取り」欄を読む限り、
　http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/windows-vs-unix.html
（近い将来、とありますがまだ対応してません）
open_files_limit ではなく、table_cache の値を調整した方がよさそうです。
イベントビューアの警告については、この調整で消える可能性があります。


> ときどき、　ウエッブからの検索中
> に　　****.MYI　ファイルがこわれます。
メッセージ内容を正確に提示すれば答えやすくなると思います。


尚、質問１と２については私も良く分かっていないので、
申し訳ありませんが織田さんや他の方の回答を待ちましょう。