はじめまして、佐藤と申します。
いつも勉強させてい頂いております。

CP932/Windows-31Jに対応したConnector/J 3.1.9 及び 3.0.17 が
リリースされたようです。

  http://dev.mysql.com/downloads/connector/j/3.1.html
  http://dev.mysql.com/downloads/connector/j/3.0.html  


これで、CP932/Windows-31Jに対応した以下のMySQL Serverとの
組み合わせの場合、Javaクライアントから(Connector/J経由で)
CP932/Windows-31Jが使用できるようになります。


 [CP932/Windows-31J対応のMySQL ServerとConnector/Jのバージョン]
  - MySQL Server : 4.1.12 以降 / 5.0.3 以降
  - Connector/J  : 3.0.17 以降 / 3.1.9 以降


以下ご参考まで。

1.6. Changelog
http://dev.mysql.com/doc/connector/j/en/cj-changelog.html

  06-22-05 - Version 3.1.9-stable
      - Driver now correctly uses CP932 if available on the server
        for Windows-31J, CP932 and MS932 java encoding names, 

  06-23-05 - Version 3.0.17-ga
      - Fixed BUG#7607 - MS932, SHIFT_JIS and Windows_31J not recog. as
        aliases for sjis.

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佐藤 修一　/ Shu SATO
日本ヒューレットパッカード株式会社 
コンサルティング・インテグレーション統括本部 
クロスインダストリ・ソリューション本部 
ビジネスインテグレーション本部