佐々木です。
もう見てないかもしれませんが・・・、フィルタリングの参考になれば。
下記は linux の sed コマンドで正規表現を用いた例です。

1.共通条件
  「'」で囲まれた文字列に含まれる「,」は無視する

2.先頭列の空白値を NULL に置換
  sed -e "s/\(^,[0-9.'].\{1,\}\)/NULL\1/g"

3.末尾列の空白値を NULL に置換
  sed -e "s/\(.\{1,\}[-0-9.'],$\)/\1NULL/g"

3.先頭、末尾以外の列の空白値を NULL に変換
  sed -e "s/\([0-9.',]\)\(,,\)\([-0-9.',]\)/\1,NULL,\3/g"

項3は「,,,」を一括変換できないので、現れる数だけ同じコマンドを
パイプを使って繰り返します。

cat [入力ファイル名] | [項1のコマンド] | [項2のコマンド] \
| [項3のコマンド] ... > [出力ファイル名]