佐々木です。

「索引」云々はデータベースの処理効率を考えて、データのロード前に
インデックスや auto_increment といった、レコード追加時に処理が走る指定をしない、
という意味です。
mysqldump に --opt 指定を付加すると同等の SQL を生成してくれるみたいです。

尚、3.23 -> 4.1 ではありませんが、
4.0 -> 4.1 へデータを移行する実験をしたときに書いたメモを掲載しておきます。
data というデータベース全体が対象で、charset はどちらも ujis です。
シェルは bash です。パス等を含め、適宜読み替えてください。

<4.0 export>
  mysqldump --quote-names --opt data > /tmp/data_back.sql --user=[ユーザ名] --password=[パスワード]

<4.1 import>
  export MYSQL="/var/lib/mysql3/bin/mysql --default-character-set=ujis --socket=/var/lib/mysql3/mysql.sock --user=[ユーザ名] --password=[パスワード]"
  echo "create database data;" | $MYSQL
  $MYSQL --database=data < /tmp/data_back.sql

<4.1 comfirm>
  echo "select * from [テーブル名];" | $MYSQL --database=data

4.1 では mysql のプロンプトからマルチバイト文字を入力できないようなので、
パイプやリダイレクトを利用しています。