佐々木です。
簡単に検証してみました。

1.phpMyAdmin の削除マークURLを解析
http://[server]/phpMyAdmin/sql.php?lang=ja-euc&server=2&db=[DB名]
&table=[名称]&pos=0&session_max_rows=30&disp_direction=horizontal
&repeat_cells=100&dontlimitchars=0&sql_query=[DELETE句]
&zero_rows=[メッセージ]
&goto=sql.php?lang=ja-euc&server=1&db=data&table=[テーブル名]
&pos=0&session_max_rows=30&disp_direction=horizontal
&repeat_cells=100&dontlimitchars=0&sql_query=[削除後のSELECT句]
&zero_rows=[メッセージ]
&goto=tbl_properties_structure.php

URLエンコードされる部分に注目してください。

2.プログラム修正
  phpMyAdmin 2.6.1-pl2
  common.lib.php の PMA_linkOrButton() における条件値を変更。
  1000 -> 2047

3.結果
　きちんと削除マークが表示されるようになりました。

ざっと見た限り、他に"?"を表示する要因は無さそうです。
私はこれにて失礼します。
そちらは何か掴みましたでしょうか？