渡邉です。

> 一応、my.cnfで設定したのが正しく効いているか
> show variables して確かめてみて下さい。３〜４行目
> ぐらいに character-set ujis と表示されると思います。
> 
> my.cnfの書き方が悪くて、latin1で動作していたら
> MySQLがどのバージョンでも'%ハ%'で検索したときに
> 別な文字も拾ってしまいますので、まずはちゃんと設定
> できてるか？をチェックして下さい。
> 
ありがとうございます。

あまりMLを汚しても。。。と思って書くのを控えていたのですが、
SQLに "BINARY" を記述することでうまくいきました。
さらに上記部分は "latin1" ...

まだまだ勉強不足です。
インストールしたまま使うのではなく、もう少し勉強してみます。