佐野です。

ご返答ありがとうございました。

鈴木さん

>或は止めるまでしなくても、エントリーを抑制して、errorページを設定し、ユーザーに状況を 
>伝えれば、ある程度は納得して貰えるかも知れません。 

そうですね。
仰るとおりのことを考えています。
その上で、絶対大丈夫な対策がもしあるようなら、
やっておこうと思いまして。

さとうさん

>サービスの遅延が許されるなら、 
>
>>1. FLUSH TABLES WITH READ LOCK; 
>>2. MySQL データディレクトリをコピー (バックアップ) 
>>3. UNLOCK TABLES; 

上でも挙げてるように、上位層でブロックすること
を考えてますので、サービスの遅延（というか停止）
は許される状況なのです。

問題ないかどうか、
サポートの方にも確認してみようと思います。

ありがとうございました。