初めて投稿します。
Shirataniと申します。よろしくお願いします。
環境は
OS:Redhat Linux 7.3
database:MySQL 4.0.23a
です。

Mysqlをインストールしてユーザーの権限を作成して普通にアクセスできたのです
が、
マシンの再起動を行ったところ接続できなくなってしまいました。
以下詳細です。

インストールは
$
./configure --with-charset=ujis --with-extra-charsets=all --with-innodb --pr
efix=/usr/local/mysql
$ make
$ su
Password:xxx
# make install

を行い
# /usr/local/mysql/bin/mysql_install_db
# /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe &　でMysqlの起動を行いました。

ユーザー権限は
# /usr/local/mysql/bin/mysql -u root
mysql> set password for root=password('xxx');
mysql> flush privileges;
mysql> grant all on *.* to user-name identified by 'xxx';
mysql> flush privileges;
mysql> exit
で登録しました。

登録した後は接続できたのですが、OSの再起動を行ったところ
[root@test mysql]# mysql -u root -p
Enter password: xxx
ERROR 1045: ユーザー 'root@localhost' を拒否します.(Using password: NO)

というエラーが出て接続できなくなってしまいました。

libexec/mysqldのオプション  --skip-grant-tables　で起動して
mysql> use mysql
mysql> select * from user；
で参照してみたところuserの中が見えないのですがこれはuserの情報が消えてしまっ
たのでしょうか？
接続できてるときに
mysql> select * from user；
で確認したときはデータが格納されていたのですが
なぜ接続できないのかよくわからない状態です。
解決策のアドバイスよろしくお願いします。

長くなりまして申し訳ありません。