こんにちは。野元です。

>とても初歩の質問でお恥ずかしいのですが、どうかご指導
>よろしくお願いいたします。

Accessと決別した事は正しい判断です。
Accessで慣れてしまったからといってWEBシステムにAccessDB
をそのまま流用して破綻したケースをいくつも見てきました。

リレーショナルデータベースに対する理解は正しいと思います。
http://www.atmarkit.co.jp/icd/root/08/5787108.html

クエリとは通常、データベースエンジンに発行するSQL文そのもの
を指します。
AccessはGUIでデータ操作できる事が前提なので、そのような複雑
なSQL文をクエリという目に見える形で定義して、SQL文の組み立て
をあらかじめ登録していると思って下さい。
Accessでは複雑なシステムになると定義されたクエリが山のよう
に増えてしまい、すでに使われなくなったクエリが沢山残って整理
できなくなっているような例もよく見かけます。

PHPであれば特定の社員コードをもつ社員の部署名と氏名を欲しい
場合は、プログラムからその都度、busyoテーブルとsyainテーブル
をjoinして以下のようなクエリを発行します。
select busyo.name, syain.name from busyo join syain 
  using (busyo_cd) where syain.cd=123005
これは両方のテーブルが同じbusyo_cdという項目で繋がって
いる事を知らせています。項目名が違う場合はonで表記します。

FOREIGN KEY（外部キー）として、テーブル定義時にある項目が
他のテーブルの項目と関連している事を指定する事もできま
すが、
http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/ansi-diff-foreign-keys.html
それが必ずしもプログラムを簡単にする場合ばかりでは
ありませんので、まずはさまざまなSQL文（クリエ）を組み立て
られるようにSQLテクニックの経験をつむことが大事だと思います。

そういうわたしもFOREIGN KEYは滅多に使いませんね。