タムザです。

> さっきのついでに言うとコマンドラインの「mysql」もどうやら３３０６を期待しているら
> しい
> のですがここでポートを変更するのはどこで指定するのでしょう？

クライントですよね？
下記に使用方法が記載されています。
http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/mysql.html

具体的には
mysql -u "ログインユーザー" -p --port=80
にして起動すれば、ポートの変更ができるのでは？


ODBCの不具合は、一度でも設定画面をあけてしまうと、折角レジストリで
設定したポート番号を消してしまうようです。
再度、レジストリエディタを開けて、設定を確認してみてください。
変更したポートが消えてしまっている可能性があるかもしれません。