秋元と申します。

>旧版データからMyISAM形式のファイルをコピーしてみると、テーブル名に
>使った漢字がまったく化けてしまい、使えません。
>これはおそらくutf8で対応されているためだと思いますが、4.0までは
>使えたものが、4.1で使えなくなってしまっているので、困っております。

おそらく旧版と4.1とで異なる文字コードの設定をされているためではないかと
思います。

http://dev.mysql.com/doc/mysql/ja/Charset.html
などを参照し、設定を直せば解決するのではないでしょうか。

#Linux版でしか確認していないので、Windows固有の問題でしたらごめんなさい

>www.mysql.gr.jpのFAQではデータベース名、テーブル名、フィールド名
>にはマルチバイト文字を使わないように書いてありますが、エンドユーザには
>不便を感じさせることになり、mysqlの普及が低下することになると思います。

何か誤解されているような気がするのですが、
http://www.mysql.gr.jp/frame/modules/xoopsfaq/index.php?cat_id=2#q3
にも書かれているのは、あくまで "こうした方がトラブルは少ないね" という話
であって、適切に設定すればマルチバイト文字は使えます。

4.1での "クライアントとサーバーの文字コードが違う場合に自動的にコード変
換を行う" という仕様変更によるもので、過去に以下のスレッドでも議論されて
いますので参考までに。
http://www.mysql.gr.jp/mysqlml/mysql/msg/9530