玉川です。

>>connect したときに、
>>set names sjis;
>>
>>と明示するのが良いと思います。
>>
>>    
>>
>
>CommandClientから確かに設定されるのを確認いたしました。
>ありがとうございます。
>
>説明が不足しており申し訳なかったのですが、サーブレット上で実現したく、
>javaプログラムで（もしくはほかの設定があれば）できる方法がございますでしょ
>うか。
>  
>
my.iniファイルの[mysqld]セクションに

init_connect='set names sjis'

を追加してみてはいかがでしょうか？
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Server_system_variables.html

※ただし、接続ユーザーが"SUPER"権限を
持っているとこの設定は有効になりません。