村上です。
私もutf8でコンパイルし、utf8で起動しています。 

>mysql>status;
>とやると
>
>Client characterset:    latin1_swedish_ci
>Server characterset:    latin1_swedish_ci
>
>と返ってくるのですが、これはやはりおかしいのでしょうか？

私はmysql-4.1.4a-gammaを使用していますが、

Client characterset:    utf8_general_ci
Server characterset:    utf8_general_ci

でした。

>/etc/my.cnfで
>default-character-set=utf8
>が効いてないような。
>
>サーバー起動時に--default-character-set=utf8をつけてみても同じでした。

私はmy.cnfでdefault-character-setを設定していませんでした。
コンパイル時に、utf8を指定しただけでした。
--
ビッツ有限会社　代表取締役社長　村上幸雄
　　　　　　　　技術士第一次試験合格（情報工学部門）
<e-mail> murakami@xxxxxxxxxx
<URL>    http://www.bitz.co.jp/
※2003年4月1に村上事務所から法人成りしました。