大塚です。
自己解決しました。

・バイナリ配布版を使わずにmysql 4.1.5 をデフォルト文字コード
　ujisでコンパイル
　　　　　　　　　　→　駄目
・php.iniで内部文字コードをEUC-JPに設定
　　　　　　　　　　→　駄目
・php5.0を再コンパイル
　　　　　　　　　　→　解決！

mysqlのバイナリ版のクライアントライブラリがlatin1になっていて、
それをベースにコンパイルされていたからphpもlatin1になっていた、
という理解でいいんでしょうか…?