長尾です。

 >   DB2 の方が PostgreSQL よりも、とてもよいプランを出すことがあり、PostgreSQL
> では、クエリーを変えなければ、速くできない場合があることもあります。どの場合に
> も、最善なデータベースというのはないんじゃないですか？
>

ですね。そういう意味で、それぞれのDBのうまいポジショングを見つけて、活用するように
するのがいいのではないでしょうか？

MySQL は、アプリべったりのデータベースとして見えないものとして、使われてゆくのが、
流れのような気がします。

先にあげた、MySQL でなく、PostgreSQL を選択したhttp://openacs.org/philosophy/why-not-mysql.html
にあるように、SQLとしてちゃんとしていないと評価されるのが大きいでしょう。

特に下記はどうなんでしょう。下記の案件は、個人的にはトランザクションよりも、
ダウングレードと考えるなら、非常に厳しいです。
PL/SQL ばりばり使っているアプリからみると、MySQL はダウングレードの対象には
なりません。

(1)MySQL has no subqueries.
Instead of performing one complex query that is entirely processed on the database end, MySQL users have to perform 2 or more serial
queries that each must go over inter-process or network communication between the app and the database. This significantly reduces
the speed advantages of MySQL.

(2)MySQL has no stored procedures.
If a series of DB actions need to be performed in a block, MySQL requires each SQL statement to be sent from the app, again in a
serial manner, again over IPC or network.

(3)MySQL has no triggers or foreign key constraints.
Data invariants must be maintained by application-level code, which requires building carefully-planned abstractions to guarantee
integrity (for every means of accessing your DB), and even more unnecessary back-and-forth communication between the app and the
database.